在明朝末年，南京秦淮河畔，名妓李香君与复社文人侯方域结为知己。两人情投意合，却因时局动荡而不得不面临离别。侯方域赴京求取功名，临行前将一把绘有桃花的扇子赠予李香君，作为信物。
不久后，清军南下攻陷南京，明朝灭亡。侯方域未能及时返回，而李香君则因家国巨变而深陷困境。在乱世中，她坚守节操，拒绝了权臣阮大铖的多次逼婚，甚至不惜以死明志。然而，命运多舛，她最终还是被阮大铖设计陷害，被迫入宫。
多年过去，侯方域终于回到南京，却发现昔日恋人已杳无音讯。他遍寻无果，心中满是愧疚与思念。一日，他在一位老者家中偶遇那把桃花扇，得知其经历后悲痛万分。最终，侯方域决定归隐山林，以诗酒自娱，以此来寄托对李香君的无尽怀念。
《桃花扇》通过这一段凄美动人的爱情故事，反映了明清之际社会变迁和个人命运的无奈交织，同时也表达了作者孔尚任对于忠贞爱情和高尚人格的推崇。
